Avdeling for smittevern har strategiske og operative oppgaver med forebygging, kontroll og overvåking av helsetjenesteassosierte infeksjoner. Avdelingen har ansvar for Regional kompetansetjeneste for smittevern i Helse Sør-Øst og
Nasjonal kompetansetjeneste for dekontaminering.
Avdelingen ledes av Smittevernlege Egil Lingaas.